Generate XDS.INP: Difference between revisions

Jump to navigation Jump to search
→‎The script: rev 0.69 add CMOS1 detector at ALS 4.2.2 as a new detector type
(→‎The script: rev. 0.68 add -H to find command)
(→‎The script: rev 0.69 add CMOS1 detector at ALS 4.2.2 as a new detector type)
Line 84: Line 84:
# revision 0.67 . KD 02/10/2016 add BM30A (ADSC SERIAL 924) reverse_phi
# revision 0.67 . KD 02/10/2016 add BM30A (ADSC SERIAL 924) reverse_phi
# revision 0.68 . KD 24/10/2016 add -H option (follow symlinks) to "find" command (thanks to Jan Gebauer!)
# revision 0.68 . KD 24/10/2016 add -H option (follow symlinks) to "find" command (thanks to Jan Gebauer!)
REVISION="0.68 (24-Oct-2016)"
# revision 0.69 . KD 04/11/2016 add CMOS-1 MBC Detector at ALS 4.2.2
REVISION="0.69 (04-Nov-2016)"
 
#                                                                                                             
#                                                                                                             
# usage: e.g. generate_XDS.INP "/file/system/frms/mydata_1_???.img"                                                       
# usage: e.g. generate_XDS.INP "/file/system/frms/mydata_1_???.img"                                                       
Line 199: Line 201:
  grep -q BEAM_CENTER_X tmp2      && DET=adsc                                 
  grep -q BEAM_CENTER_X tmp2      && DET=adsc                                 
  grep -q mar345 tmp2 && DET=MAR345     
  grep -q mar345 tmp2 && DET=MAR345     
  grep -q BRUKER tmp2 && grep -q CBF tmp2  && DET=Bruker-cbf                  
  grep -q BRUKER tmp2 && grep -q CBF tmp2  && DET=Bruker-cbf  
grep -q CMOS1 tmp2 && DET=adsc-CMOS1                 
else
else
  h5dump -d "/entry/instrument/detector/description" $FIRSTFRAME | grep -i Eiger > /dev/null && DET=eiger
  h5dump -d "/entry/instrument/detector/description" $FIRSTFRAME | grep -i Eiger > /dev/null && DET=eiger
Line 296: Line 299:
       # find NX, QX, ORGX and ORGY:
       # find NX, QX, ORGX and ORGY:
       NX=`grep SIZE1 tmp2 | tail -1 | sed s/SIZE1=//`
       NX=`grep SIZE1 tmp2 | tail -1 | sed s/SIZE1=//`
      NY=`grep SIZE2 tmp2 | tail -1 | sed s/SIZE2=//`                                           
       QX=`grep PIXEL_SIZE tmp2 | sed s/PIXEL_SIZE=//`
       QX=`grep PIXEL_SIZE tmp2 | sed s/PIXEL_SIZE=//`
# FIXME - next 2 lines should be done properly, from header
      NY=$NX                                             
       QY=$QX                                               
       QY=$QX                                               
       BEAM_CENTER_X=`grep BEAM_CENTER_X tmp2 | sed s/BEAM_CENTER_X=//`
       BEAM_CENTER_X=`grep BEAM_CENTER_X tmp2 | sed s/BEAM_CENTER_X=//`
Line 371: Line 373:
       # find DETECTOR_DISTANCE and OSCILLATION_RANGE:                                                                                 
       # find DETECTOR_DISTANCE and OSCILLATION_RANGE:                                                                                 
       DETECTOR_DISTANCE=`grep ^DISTANCE tmp2 | sed s/DISTANCE=//`                                                                     
       DETECTOR_DISTANCE=`grep ^DISTANCE tmp2 | sed s/DISTANCE=//`                                                                     
       OSCILLATION_RANGE=`grep OSC_RANGE tmp2 | sed s/OSC_RANGE=//`                                                                  
       OSCILLATION_RANGE=`grep OSC_RANGE tmp2 | sed s/OSC_RANGE=//`      
                                                           
elif [ "$DET" == "adsc-CMOS1" ]; then
  DETECTOR="ADSC MINIMUM_VALID_PIXEL_VALUE= 1 OVERLOAD= 65000"
  echo Data from CMOS1 MBC detector.
  SENSOR_THICKNESS=0.01                                                       
  sed s/\;// tmp2 > tmp1                                                     
  mv tmp1 tmp2                                                               
  X_RAY_WAVELENGTH=`grep WAVELENGTH tmp2 | head -1 | sed s/WAVELENGTH=//`
  NX=`grep SIZE1 tmp2 | tail -1 | sed s/SIZE1=//`
  QX=`grep PIXEL_SIZE tmp2 | sed s/PIXEL_SIZE=//`
  NY=`grep SIZE2 tmp2 | tail -1 | sed s/SIZE2=//`                                           
  QY=$QX                                             
  ORGX=`grep BEAM_CENTER_X tmp2 | sed s/BEAM_CENTER_X=//`
  ORGY=`grep BEAM_CENTER_Y tmp2 | sed s/BEAM_CENTER_Y=//`
  REVERSE_PHI="yes"
  DETECTOR_DISTANCE=`grep ^DISTANCE tmp2 | sed s/DISTANCE=/-/`                                                                   
  OSCILLATION_RANGE=`grep OMEGA_DELTA tmp2 | sed s/OMEGA_DELTA=//` 
  DIRECTION_OF_DETECTOR_X_AXIS="-1 0 0"                                                               


elif [ "$DET" == "pilatus" ]; then
elif [ "$DET" == "pilatus" ]; then
Line 718: Line 738:
if [ "$DET" == "Bruker-cbf" ]; then
if [ "$DET" == "Bruker-cbf" ]; then
   echo "DELPHI=15 ! refine less often than the default of 5" >> XDS.INP
   echo "DELPHI=15 ! refine less often than the default of 5" >> XDS.INP
elif [ "$DET" == "adsc-CMOS1" ]; then
  echo UNTRUSTED_RECTANGLE= 0 1468  2451 2631  >> XDS.INP
elif [ "$DET" == "pilatus" -o "$DET" == "eiger" ]; then
elif [ "$DET" == "pilatus" -o "$DET" == "eiger" ]; then
cat >> XDS.INP << eof
cat >> XDS.INP << eof
2,684

edits

Cookies help us deliver our services. By using our services, you agree to our use of cookies.

Navigation menu