XDSwiki

Simulated-1g1c: Difference between revisions

Page Discussion

Simulated-1g1c (view source)

Revision as of 20:06, 12 March 2011

27,164 bytes added ,  12 March 2011
no edit summary
No edit summary
No edit summary
Line 14: Line 14:
We have to get some idea about possible spacegroups first. This means processing some of the datasets. Let's choose "xtal100", the last one.
We have to get some idea about possible spacegroups first. This means processing some of the datasets. Let's choose "xtal100", the last one.


  generate_XDS.INP "../../Illuin/microfocus/xtal100_1_001.img"
  generate_XDS.INP "../../Illuin/microfocus/xtal100_1_0??.img"


To maximize the number of reflections that should be used for spacegroup determination, the only changes to XDS.INP are:
To maximize the number of reflections that should be used for spacegroup determination, the only changes to XDS.INP are:
  TEST_RESOLUTION_RANGE= 50 0 ! default is 10 4  
  TEST_RESOLUTION_RANGE= 50 0 ! default is 10 4 ; we want all reflections instead
  DATA_RANGE= 1 1            ! R-factors involving more than 1 frame are meaningless  
  DATA_RANGE= 1 1            ! R-factors involving more than 1 frame are meaningless  
                             ! with such strong radiation damage
                             ! with such strong radiation damage


We run "xds" and, after a few seconds, can inspect IDXREF.LP and CORRECT.LP. It turns out the primitve cell is 38.3, 79.2, 79.2, 90, 90, 90 which is compatible with tetragonal spacegroups, or those with lower symmetry:
We run "xds" and, after a few seconds, can inspect IDXREF.LP and CORRECT.LP. It turns out that the primitve cell is 38.3, 79.2, 79.2, 90, 90, 90 which is compatible with tetragonal spacegroups, or those with lower symmetry:


   LATTICE-  BRAVAIS-  QUALITY  UNIT CELL CONSTANTS (ANGSTROEM & DEGREES)    REINDEXING TRANSFORMATION
   LATTICE-  BRAVAIS-  QUALITY  UNIT CELL CONSTANTS (ANGSTROEM & DEGREES)    REINDEXING TRANSFORMATION
Line 74: Line 74:
== devising a bootstrap procedure ==
== devising a bootstrap procedure ==


We have to realize that, since the b and c axes are equal, we can index each dataset in two non-equivalent ways. This is the same situation as would occur e.g. for spacegroups P3(x) and P4(x), and means that we'll have to use a REFERENCE_DATA_SET to
We have to realize that, since the b and c axes are equal, we can index each dataset in two non-equivalent ways. This is the same situation as occurs e.g. for spacegroups P3(x) and P4(x), and means that we'll have to use a REFERENCE_DATA_SET to get the right setting for each of the 100 datasets.
 
However, we cannot expect that all of the datasets have enough reflections in common with a given dataset. Thus, we have to update and enlarge the REFERENCE_DATA_SET after the first round, using those datasets that have reflections in common with the old REFERENCE_DATA_SET. Then in a second round, we can hopefully identify the correct setting for all datasets. After that, we can scale everything together.
 
== first round of bootstrap ==
 
We choose xtal100 as the first reference, and move its XDS_ASCII.HKL to bootstrap/reference.ahkl. A script that goes through all datasets, produces XDS.INP, and runs xds is the following (note that we only REFINE(IDXREF)= ORIENTATION BEAM , and the same for REFINE(INTEGRATE), since it may be useful to keep the b and c axis exactly the same):
 
<pre>
#!/bin/csh -f
foreach f ( Illuin/microfocus/xtal*_1_001.img )
setenv x `echo $f | cut -c 19-25`
echo processing $x
rm -rf bootstrap/$x
mkdir bootstrap/$x
cd bootstrap/$x
cat>XDS.INP<<EOF
JOB= XYCORR INIT COLSPOT IDXREF DEFPIX INTEGRATE CORRECT
ORGX= 1511.2 ORGY= 1553.1 ! ORGX=1507 ORGY=1570 if BEAM is not refined
DETECTOR_DISTANCE= 250
OSCILLATION_RANGE= 1
X-RAY_WAVELENGTH= 0.979338
NAME_TEMPLATE_OF_DATA_FRAMES=../../Illuin/microfocus/${x}_1_0??.img
DATA_RANGE=1 1
SPOT_RANGE=1 1
REFERENCE_DATA_SET=../reference.ahkl
TEST_RESOLUTION_RANGE= 50.0 2.0 ! for correlating with reference
SPACE_GROUP_NUMBER=16                  ! 0 if unknown
UNIT_CELL_CONSTANTS= 38.3 79.1 79.1  90 90 90 ! mean of CORRECT outputs
INCLUDE_RESOLUTION_RANGE=60 1.8  ! after CORRECT, insert high resol limit; re-run CORRECT
TRUSTED_REGION=0.00 1.  ! partially use corners of detectors; 1.41421=full use
VALUE_RANGE_FOR_TRUSTED_DETECTOR_PIXELS=7000. 30000. ! often 8000 is ok
MINIMUM_ZETA=0.05        ! integrate close to the Lorentz zone; 0.15 is default
STRONG_PIXEL=5         
MINIMUM_NUMBER_OF_PIXELS_IN_A_SPOT=3 ! default of 6 is sometimes too high
REFINE(INTEGRATE)=  ORIENTATION BEAM ! AXIS DISTANCE CELL
REFINE(IDXREF)= ORIENTATION BEAM ! AXIS DISTANCE CELL
! parameters specifically for this detector and beamline:
DETECTOR= ADSC MINIMUM_VALID_PIXEL_VALUE= 1 OVERLOAD= 65000
NX= 3072 NY= 3072  QX= 0.102539  QY= 0.102539 ! to make CORRECT happy if frames are unavailable
DIRECTION_OF_DETECTOR_X-AXIS=1 0 0
DIRECTION_OF_DETECTOR_Y-AXIS=0 1 0
INCIDENT_BEAM_DIRECTION=0 0 1 ! 0.00203 -0.0065 1.02107 ! mean of CORRECT outputs
ROTATION_AXIS=1 0 0    ! at e.g. SERCAT ID-22 this needs to be -1 0 0
FRACTION_OF_POLARIZATION=0.98  ! better value is provided by beamline staff!
POLARIZATION_PLANE_NORMAL=0 1 0
EOF
xds >& xds.log &
sleep 1
  cd ../..
end
</pre>
 
Running this script takes 2 minutes. After this, it's a good idea to check whether the cell parameters are really what we assumed they are:
 
grep UNIT_CELL_CO xtal0[01]*/XDS_ASCII.HKL | cut -c24- > CELLPARM.INP
cellparm
cat CELLPARM.LP
and obtain:
        A        B        C      ALPHA    BETA      GAMMA    WEIGHT
    38.311    79.096    79.107    90.000    90.000    90.000      1.0
    38.292    79.081    79.078    90.000    90.000    90.000      1.0
    38.285    79.021    79.048    90.000    90.000    90.000      1.0
    38.308    79.106    79.099    90.000    90.000    90.000      1.0
    38.298    79.096    79.084    90.000    90.000    90.000      1.0
    38.310    79.117    79.109    90.000    90.000    90.000      1.0
    38.317    79.120    79.124    90.000    90.000    90.000      1.0
    38.302    79.102    79.097    90.000    90.000    90.000      1.0
    38.309    79.119    79.134    90.000    90.000    90.000      1.0
    38.288    79.098    79.128    90.000    90.000    90.000      1.0
    38.294    79.102    79.119    90.000    90.000    90.000      1.0
    38.299    79.104    79.100    90.000    90.000    90.000      1.0
    38.296    79.113    79.058    90.000    90.000    90.000      1.0
    38.322    79.091    79.120    90.000    90.000    90.000      1.0
    38.284    79.082    79.094    90.000    90.000    90.000      1.0
    38.284    79.103    79.098    90.000    90.000    90.000      1.0
    38.303    79.109    79.111    90.000    90.000    90.000      1.0
    38.293    79.084    79.083    90.000    90.000    90.000      1.0
    38.300    79.095    79.101    90.000    90.000    90.000      1.0
------------------------------------------------------------------------
    38.300    79.097    79.100    90.000    90.000    90.000      19.0
 
Why not use all datasets? The reason is that cellparm has a limit of 20 datasets!
 
Now we run xscale with the following XSCALE.INP :
 
<pre>
UNIT_CELL_CONSTANTS=38.3 79.1 79.1  90 90 90
SPACE_GROUP_NUMBER=19
OUTPUT_FILE=temp.ahkl
 
INPUT_FILE=../xtal001/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal002/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal003/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal004/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal005/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal006/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal007/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal008/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal009/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal010/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal011/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal012/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal013/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal014/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal015/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal016/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal017/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal018/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal019/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal020/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal021/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal022/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal023/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal024/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal025/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal026/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal027/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal028/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal029/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal030/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal031/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal032/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal033/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal034/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal035/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal036/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal037/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal038/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal039/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal040/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal041/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal042/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal043/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal044/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal045/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal046/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal047/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal048/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal049/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal050/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal051/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal052/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal053/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal054/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal055/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal056/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal057/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal058/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal059/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal060/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal061/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal062/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal063/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal064/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal065/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal066/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal067/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal068/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal069/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal070/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal071/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal072/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal073/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal074/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal075/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal076/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal077/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal078/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal079/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal080/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal081/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal082/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal083/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal084/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal085/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal086/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal087/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal088/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal089/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal090/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal091/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal092/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal093/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal094/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal095/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal096/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal097/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal098/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal099/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal100/XDS_ASCII.HKL
</pre>
 
xscale writes XSCALE.LP which has the 5050 correlation coefficients of every dataset with every other dataset! The order of listing of the correlation coefficients is such that it turns out that is was a good choice to have xtal100 as the REFERENCE_DATA_SET, because we find this list:
 
      CORRELATIONS BETWEEN INPUT DATA SETS AFTER CORRECTIONS
DATA SETS  NUMBER OF COMMON  CORRELATION  RATIO OF COMMON  B-FACTOR
  #i  #j    REFLECTIONS    BETWEEN i,j  INTENSITIES (i/j)  BETWEEN i,j
with these 99 lines:
    1  100          12          0.601            0.8200        0.0085
    2  100          24          0.998            0.9001        0.5637
    3  100          16          0.990            0.9216        -0.2983
    4  100          16          0.239            1.9141        -0.2253
    5  100          31          0.996            0.9231        0.3755
    6  100          22          0.997            0.9412        0.2726
    7  100          11          0.976            0.8848        -0.1225
    8  100          5          0.967            0.9166        0.0435
    9  100          34          0.160            1.2885        0.0774
  10  100          11          0.860            2.9740        -0.2614
  11  100          8          0.997            0.8732        0.6032
  12  100          8          0.998            1.0145        -0.4169
  13  100          22          1.000            0.9313        0.1664
  14  100          8          0.900            0.8040        0.2744
  15  100          10          0.986            0.9510        0.1738
  16  100          1          0.000            0.9685        0.0000
  17  100          14          0.991            0.8700        0.3395
  18  100          7          0.997            1.0546        -0.2113
  19  100          23          1.000            1.0451        -0.0246
  20  100          24          0.266            0.6392        0.1091
  21  100          20          0.995            0.8529        0.6281
  22  100          12          0.072            0.9376        -0.0406
  23  100          19          0.999            0.9366        0.0670
  24  100          14          0.998            1.0986        -0.7853
  25  100          4          0.939            1.0483        -0.0886
  26  100          26          0.993            0.9633        0.0813
  27  100          30          0.990            0.9782        -0.0191
  28  100          30          0.995            0.9124        -0.0781
  29  100          13          0.488            2.1279        -0.2548
  30  100          18          0.283            1.2442        0.0585
  31  100          23          0.995            0.9249        0.4751
  32  100          22          0.293            2.7799        -0.1715
  33  100          7          1.000            1.0706        -0.2011
  34  100          6          0.987            0.9888        -0.0007
  35  100          8          0.989            0.9895        -0.1751
  36  100          23          0.985            0.8494        0.3038
  37  100          8          0.966            0.7378        -0.0108
  38  100          7          1.000            1.1335        -0.0927
  39  100          11          0.982            0.9994        -0.5811
  40  100          16          0.994            0.7549        0.8741
  41  100          12          0.986            0.9478        -0.4168
  42  100          11          0.994            0.8285        0.7668
  43  100          9          0.997            0.9595        -0.2219
  44  100          15          1.000            0.8666        0.2884
  45  100          13          0.517            1.6433        0.0034
  46  100          13          0.296            1.4431        -0.0938
  47  100          18          0.857            0.9734        0.3337
  48  100          13          0.999            0.9627        0.2611
  49  100          22          0.991            0.8798        0.2976
  50  100          14          0.999            1.1206        -1.0748
  51  100          10          0.999            0.9296        0.5194
  52  100          8          0.899            1.3901        0.0190
  53  100          24          0.998            1.0383        -0.3979
  54  100          7          0.998            1.1332        -0.5519
  55  100          8          0.993            0.9258        -0.0688
  56  100          19          0.992            0.9138        0.0326
  57  100          5          0.994            0.9209        -0.2679
  58  100          22          0.996            0.8591        0.6813
  59  100          7          0.650            1.5471        -0.0597
  60  100          21          0.995            0.9013        0.0722
  61  100          16          0.998            0.8689        0.4326
  62  100          1          0.002            0.7717        0.0000
  63  100          6          0.995            0.9921        0.0243
  64  100          14          0.998            0.9398        -0.5243
  65  100          12          0.515            1.7489        -0.0858
  66  100          17          0.999            0.9457        0.0390
  67  100          9          0.840            0.7706        0.5165
  68  100          6          0.969            0.9477        0.0164
  69  100          12          0.999            0.9503        -0.1039
  70  100          10          0.949            0.8026        -0.1336
  71  100          4          0.689            2.0681        0.0039
  72  100          29          0.999            1.1291        -0.6696
  73  100          5          -0.316            0.4326        0.0269
  74  100          13          -0.233            1.4081        -0.0231
  75  100          21          0.991            0.9722        -0.0179
  76  100          27          0.996            0.9971        -0.7051
  77  100          26          0.090            0.9911        0.0042
  78  100          33          0.999            1.0320        -0.1129
  79  100          19          0.990            0.9761        -0.1856
  80  100          9          -0.405            0.6967        0.0026
  81  100          37          1.000            0.9449        -0.3532
  82  100          39          0.998            0.9688        -0.3311
  83  100          16          0.996            0.9339        0.3853
  84  100          4          0.999            0.8844        0.1728
  85  100          0          0.000            1.0000        0.0000
  86  100          4          1.000            1.0431        -0.8447
  87  100          20          0.998            0.9432        0.0283
  88  100          16          0.999            0.9415        0.2914
  89  100          39          0.995            0.9713        -0.2225
  90  100          15          0.992            1.0039        0.0773
  91  100          7          0.997            1.0149        -0.4369
  92  100          15          0.713            0.9845        -0.0447
  93  100          21          0.249            0.8322        -0.0360
  94  100          34          0.997            0.9991        -0.1059
  95  100          6          0.582            0.6511        0.1327
  96  100          8          0.988            0.8068        0.5740
  97  100          16          0.989            0.9331        0.4112
  98  100          13          0.974            0.9556        0.0624
  99  100          15          0.400            0.5817        -0.0325
 
We note that there are many datasets with high correlation coefficients. We use some of those to generate the REFERENCE_DATA_SET for the second round - XSCALE.INP is now
 
OUTPUT_FILE=../reference.ahkl
INPUT_FILE=../xtal002/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal003/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal005/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal006/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal007/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal008/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal011/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal012/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal013/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal015/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal017/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal018/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal019/XDS_ASCII.HKL
INPUT_FILE=../xtal100/XDS_ASCII.HKL
 
we could have included more datasets but it's pretty clear that these 14 already provide a completeness of 34.5% :
 
SUBSET OF INTENSITY DATA WITH SIGNAL/NOISE >= -3.0 AS FUNCTION OF RESOLUTION
RESOLUTION    NUMBER OF REFLECTIONS    COMPLETENESS R-FACTOR  R-FACTOR COMPARED I/SIGMA  R-meas  Rmrgd-F  Anomal  SigAno  Nano
  LIMIT    OBSERVED  UNIQUE  POSSIBLE    OF DATA  observed  expected                                      Corr
 
    8.05        111      92      304      30.3%      3.1%      4.2%      34  17.02    4.1%    3.7%    0%  0.000      0
    5.69        198    161      515      31.3%      3.5%      3.4%      70  16.78    4.8%    3.6%    0%  0.000      0
    4.65        289    230      639      36.0%      3.2%      3.5%      109  16.77    4.4%    3.8%    0%  0.000      0
    4.03        354    267      753      35.5%      3.4%      3.6%      151  18.70    4.5%    3.1%  -40%  1.012      2
    3.60        367    287      840      34.2%      2.4%      3.6%      147  17.35    3.2%    3.1%    0%  0.000      0
    3.29        408    326      919      35.5%      3.7%      3.6%      158  16.91    5.1%    4.0%    0%  0.000      0
    3.04        422    324      987      32.8%      3.8%      3.9%      180  14.95    5.1%    4.0%    0%  0.000      0
    2.85        498    387      1066      36.3%      5.2%      4.6%      212  12.72    7.1%    7.3%    0%  0.000      0
    2.68        523    402      1124      35.8%      5.5%      5.4%      219  11.28    7.4%    7.2%    0%  0.000      0
    2.55        512    399      1174      34.0%      5.8%      6.0%      210    9.98    7.9%    7.6%    0%  0.000      0
    2.43        558    426      1263      33.7%      8.7%      8.6%      237    8.37    11.7%    12.6%  -100%  0.829      2
    2.32        589    446      1287      34.7%      8.1%      9.0%      261    8.05    11.0%    14.0%    61%  0.690      3
    2.23        621    470      1350      34.8%      9.6%    10.4%      276    7.52    12.9%    16.8%    0%  0.000      0
    2.15        653    487      1380      35.3%      8.0%      8.8%      298    7.70    10.8%    13.5%    -2%  0.783      6
    2.08        624    493      1459      33.8%      11.6%    11.6%      247    6.57    16.0%    16.0%    0%  0.000      0
    2.01        660    510      1494      34.1%      11.3%    11.5%      271    6.16    15.0%    16.7%  -100%  0.382      2
    1.95        697    535      1546      34.6%      13.1%    13.8%      295    5.34    17.7%    22.9%    0%  0.000      0
    1.90        765    576      1571      36.7%      15.9%    16.3%      351    5.12    21.7%    23.9%    0%  0.000      0
    1.85        751    563      1635      34.4%      21.7%    22.0%      339    3.80    29.3%    35.2%    0%  0.000      0
    1.80        697    531      1660      32.0%      24.5%    25.5%      298    3.51    33.1%    40.5%  -11%  0.784      2
    total      10297    7912    22966      34.5%      5.6%      5.9%    4363    9.17    7.6%    11.5%    -9%  0.741      24
 
Now we are ready to run our script "bootstrap.rc" a second time. Actually it would be enough to run the CORRECT step but since it only takes 2 minutes we don't bother to change the script. After this, we run xscale a third time, using the same XSCALE.INP as the first time. The result is
 
SUBSET OF INTENSITY DATA WITH SIGNAL/NOISE >= -3.0 AS FUNCTION OF RESOLUTION
RESOLUTION    NUMBER OF REFLECTIONS    COMPLETENESS R-FACTOR  R-FACTOR COMPARED I/SIGMA  R-meas  Rmrgd-F  Anomal  SigAno  Nano
  LIMIT    OBSERVED  UNIQUE  POSSIBLE    OF DATA  observed  expected                                      Corr
    8.05        794    270      304      88.8%      4.4%      4.2%      729  23.94    5.1%    3.0%    76%  1.884      48
    5.69        1495    478      515      92.8%      4.6%      4.5%    1404  23.48    5.4%    3.3%    73%  1.633      80
    4.65        1936    598      639      93.6%      5.4%      5.3%    1827  24.31    6.3%    3.7%    66%  1.541    133
    4.03        2381    714      752      94.9%      4.5%      4.8%    2266  24.56    5.3%    3.2%    47%  1.157    151
    3.60        2536    786      841      93.5%      5.5%      5.8%    2409  23.59    6.6%    3.9%    46%  1.164    173
    3.29        2832    875      918      95.3%      5.5%      5.7%    2693  23.10    6.5%    3.8%    31%  1.013    189
    3.04        3132    916      987      92.8%      5.7%      5.9%    3014  21.78    6.7%    3.8%    19%  0.917    228
    2.85        3383    1014      1067      95.0%      7.1%      7.1%    3234  18.61    8.3%    5.7%    26%  0.963    233
    2.68        3688    1079      1126      95.8%      8.3%      8.2%    3545  16.88    9.7%    6.9%    16%  0.911    270
    2.55        3709    1109      1171      94.7%      9.6%      9.8%    3530  14.93    11.3%    8.5%    15%  0.855    252
    2.43        4037    1194      1266      94.3%      10.8%    11.5%    3855  12.86    12.7%    11.1%    9%  0.805    287
    2.32        4160    1217      1281      95.0%      11.7%    12.4%    3979  12.14    13.6%    10.1%    13%  0.886    312
    2.23        4349    1286      1354      95.0%      12.1%    12.9%    4181  11.73    14.3%    13.5%    8%  0.738    317
    2.15        4599    1324      1378      96.1%      13.6%    14.3%    4416  11.26    15.9%    12.9%    5%  0.841    341
    2.08        4726    1379      1459      94.5%      15.5%    16.6%    4548    9.98    18.1%    14.6%    -3%  0.784    352
    2.01        4729    1419      1500      94.6%      15.6%    16.5%    4521    9.46    18.3%    16.4%    6%  0.818    338
    1.95        4980    1480      1544      95.9%      20.3%    20.3%    4782    8.20    23.9%    21.1%    -2%  0.778    353
    1.90        5217    1511      1575      95.9%      22.7%    23.7%    5016    7.51    26.5%    23.6%    -4%  0.740    391
    1.85        5232    1555      1626      95.6%      29.8%    31.0%    5015    5.91    34.9%    28.6%    5%  0.813    359
    1.80        5024    1511      1669      90.5%      33.5%    34.6%    4790    5.25    39.4%    36.9%    -1%  0.767    347
    total      72939  21715    22972      94.5%      8.2%      8.5%    69754  13.36    9.7%    10.3%    16%  0.891    5154
 
so the data are practically complete, and actually quite good. The anomalous signal suggests that it may be possible to solve the structure from its anomalous signal.
 
We can find out the correct spacegroup (19 !) with "pointless xdsin temp.ahkl".
 
Now we do another round, since the completeness is so good. We can then identify those few datasets which are still not indexed in the right setting, fix those manually. It was only xtal085 which made this necessary - it turned out that the indexing had not found the correct lattice, which was fixed with STRONG_PIXEL=6.
 
The final XSCALE.LP is then:
 
SUBSET OF INTENSITY DATA WITH SIGNAL/NOISE >= -3.0 AS FUNCTION OF RESOLUTION
RESOLUTION    NUMBER OF REFLECTIONS    COMPLETENESS R-FACTOR  R-FACTOR COMPARED I/SIGMA  R-meas  Rmrgd-F  Anomal  SigAno  Nano
  LIMIT    OBSERVED  UNIQUE  POSSIBLE    OF DATA  observed  expected                                      Corr
    8.05        804    276      316      87.3%      4.4%      4.2%      733  23.80    5.1%    3.1%    75%  1.899      49
    5.69        1509    481      520      92.5%      4.5%      4.4%    1416  23.61    5.2%    3.3%    75%  1.660      81
    4.65        1951    601      644      93.3%      4.3%      4.4%    1842  24.49    5.1%    3.3%    68%  1.579    134
    4.03        2402    715      755      94.7%      4.1%      4.4%    2289  24.75    4.8%    3.2%    44%  1.174    153
    3.60        2555    788      843      93.5%      4.0%      4.5%    2427  23.81    4.7%    3.2%    48%  1.169    179
    3.29        2862    877      921      95.2%      4.2%      4.7%    2724  23.35    5.0%    3.2%    31%  1.050    198
    3.04        3146    916      989      92.6%      5.0%      5.1%    3030  22.00    5.8%    4.0%    15%  0.897    231
    2.85        3399    1016      1070      95.0%      5.9%      6.1%    3251  18.75    7.0%    5.4%    28%  0.992    235
    2.68        3717    1081      1128      95.8%      7.2%      7.2%    3579  17.01    8.4%    7.1%    13%  0.883    274
    2.55        3724    1110      1174      94.5%      8.3%      8.6%    3543  15.03    9.7%    8.0%    15%  0.836    255
    2.43        4058    1196      1266      94.5%      9.9%    10.6%    3877  12.96    11.5%    10.3%    8%  0.811    291
    2.32        4190    1220      1283      95.1%      11.1%    11.8%    4013  12.21    12.9%    10.8%    11%  0.889    328
    2.23        4371    1288      1357      94.9%      11.5%    12.4%    4207  11.79    13.6%    12.6%    4%  0.757    318
    2.15        4626    1324      1378      96.1%      13.2%    13.9%    4444  11.33    15.4%    12.4%    8%  0.835    349
    2.08        4756    1383      1461      94.7%      15.2%    16.2%    4577  10.02    17.8%    14.2%    -4%  0.771    356
    2.01        4755    1423      1503      94.7%      15.4%    16.1%    4543    9.51    18.1%    15.2%    5%  0.817    342
    1.95        4995    1480      1544      95.9%      20.1%    19.9%    4794    8.24    23.6%    20.2%    -5%  0.787    359
    1.90        5242    1512      1577      95.9%      22.3%    23.2%    5034    7.55    26.1%    22.2%    -1%  0.772    400
    1.85        5261    1552      1626      95.4%      29.6%    30.6%    5054    5.95    34.6%    28.3%    6%  0.828    365
    1.80        5066    1514      1672      90.6%      33.4%    34.4%    4829    5.25    39.2%    35.7%    -1%  0.789    356
    total      73389  21753    23027      94.5%      7.4%      7.7%    70206  13.45    8.6%    9.8%    15%  0.898    5253
 
When inspecting the list of R-factors of each of the datasets it becomes clear that some of them are really good, but others are mediocre.
 
== Optimizing the result ==
Kay
Bureaucrats
2,684

edits

Retrieved from "https://wiki.uni-konstanz.de/xds/index.php/Special:MobileDiff/2356"