XDSwiki

1Y13-DAD: Difference between revisions

Page Discussion

1Y13-DAD (view source)

Revision as of 15:48, 6 June 2011

15,722 bytes added ,  6 June 2011
no edit summary
(Created page with "This is a continuation of 1Y13 investigating how much the pseudo-SAD structure solution performed in that article can be improved by using both wavelengths separately.")
 
No edit summary
Line 1: Line 1:
This is a continuation of [[1Y13]] investigating how much the pseudo-SAD structure solution performed in that article can be improved by using both wavelengths separately.
This is a continuation of [[1Y13]] investigating how much the pseudo-SAD structure solution performed in that article can be improved by using both wavelengths separately.
Please note that the "second parts" of both E1 and E2 were not used, in order to be more strictly comparable to the analysis as pseudo-SAD done before. This is XSCALE.INP for doing zero-dose extrapolation, but this time using different output files:
UNIT_CELL_CONSTANTS=103.316  103.316  131.456  90.000  90.000  90.000
SPACE_GROUP_NUMBER=96
OUTPUT_FILE=ip.ahkl
INPUT_FILE=../e1_1-372/XDS_ASCII.HKL
CRYSTAL_NAME=a
OUTPUT_FILE=hrem.ahkl
INPUT_FILE=../e2_1-369/XDS_ASCII.HKL
CRYSTAL_NAME=a
The output (XSCALE.LP) is ...
...
    a        b          ISa    ISa0  INPUT DATA SET
6.090E+00  3.706E-04  21.05  22.37 ../e1_1-372/XDS_ASCII.HKL                       
5.704E+00  3.823E-04  21.41  22.82 ../e2_1-369/XDS_ASCII.HKL                       
...
CORRELATION OF COMMON DECAY-FACTORS BETWEEN INPUT DATA SETS
-----------------------------------------------------------
First  INPUT_FILE= ../e2_1-369/XDS_ASCII.HKL                       
      CRYSTAL_NAME= a                                               
Second INPUT_FILE= ../e1_1-372/XDS_ASCII.HKL                       
      CRYSTAL_NAME= a                                               
RESOLUTION    NUMBER    CORRELATION
  LIMIT      OF PAIRS      FACTOR
    9.40        211        0.962
    6.64        443        0.962
    5.43        589        0.937
    4.70        695        0.967
    4.20        765        0.949
    3.84        838        0.934
    3.55        810        0.942
    3.32        777        0.926
    3.13        666        0.888
    2.97        559        0.838
    2.83        377        0.643
    2.71        306        0.810
    2.61        211        0.614
    2.51        165        0.506
    2.43          93        0.326
    2.35        134        0.766
    2.28        114        0.653
    2.21          95        0.748
    2.16          86        0.498
    2.10          54        0.187
    total        7988        0.790
          X-RAY DOSE PARAMETERS USED FOR EACH INPUT DATA SET
          --------------------------------------------------
CRYSTAL_NAME= a                                               
        STARTING_DOSE            DOSE_RATE      NAME OF INPUT FILE
    initial    refined      initial    refined
  0.000E+00  9.676E+00  1.000E+00  1.000E+00  ../e1_1-372/XDS_ASCII.HKL                       
  0.000E+00  0.000E+00  1.000E+00  1.027E+00  ../e2_1-369/XDS_ASCII.HKL                       
          STATISTICS OF 0-DOSE CORRECTED DATA FROM EACH CRYSTAL
          -----------------------------------------------------
NUNIQUE = Number of unique reflections with enough symmetry-
          related observations to determine a decay factor b(h)
N0-DOSE = Number of 0-dose extrapolated unique reflections
NERROR  = Number of unique extrapolated reflections expected
          to be overfitted. A large ratio of N0-DOSE/NERROR
          justifies the data correction as carried out here.
S_corr  = mean value of Sigma(I) for 0-dose extrapolated data
S_norm  = mean value of Sigma(I) for the same data but
          without 0-dose extrapolation.
NFREE  = degrees of freedom for calculating S_corr
CRYSTAL_NAME= a                                               
RESOLUTION  NUNIQUE  N0-DOSE  N0-DOSE/  S_corr/    NFREE
  LIMIT                        NERROR    S_norm
    9.40      498    379      73.8      0.543    3223
    6.64      912    701      83.6      0.550    6217
    5.43      1143    894      78.3      0.574    8091
    4.70      1352    1044      74.8      0.600    9702
    4.20      1518    1130      70.4      0.620    10589
    3.84      1665    1183      75.3      0.630    11105
    3.55      1787    1222      64.8      0.672    11949
    3.32      1941    1290      57.9      0.690    12756
    3.13      2043    1174      49.6      0.718    11904
    2.97      2182    1106      47.7      0.750    11541
    2.83      2281    909      40.2      0.798    9640
    2.71      2352    817      33.7      0.825    8657
    2.61      2467    699      34.2      0.848    7355
    2.51      2566    627      31.6      0.875    6576
    2.43      2624    505      30.5      0.896    5340
    2.35      2709    624      31.8      0.889    6203
    2.28      2821    591      29.1      0.893    6032
    2.21      2880    557      32.8      0.906    5739
    2.16      2959    445      29.7      0.908    4388
    2.10      2860    419      29.8      0.926    3804
    total    41560  16316      46.9      0.739  160811
******************************************************************************
              SCALING FACTORS FOR Sigma(I) AS FUNCTION OF RESOLUTION
******************************************************************************
SCALING FACTORS FOR Sigma(I) FOR DATA SET ../e1_1-372/XDS_ASCII.HKL                       
                                  RESOLUTION (ANGSTROM) 
        10.33  6.12  4.76  4.03  3.56  3.23  2.97  2.76  2.60  2.46  2.34  2.23  2.14
FACTOR  0.71  0.81  0.84  0.92  0.99  0.98  0.98  0.98  0.97  0.97  1.09  0.99  0.98
SCALING FACTORS FOR Sigma(I) FOR DATA SET ../e2_1-369/XDS_ASCII.HKL                       
                                  RESOLUTION (ANGSTROM) 
        10.32  6.11  4.76  4.03  3.56  3.22  2.97  2.76  2.60  2.46  2.34  2.23  2.14
FACTOR  0.73  0.83  0.85  0.92  1.00  1.00  1.01  1.00  0.99  0.98  1.10  1.01  0.98
...
  STATISTICS OF SCALED OUTPUT DATA SET : ip.ahkl                                         
  FILE TYPE:        XDS_ASCII      MERGE=FALSE          FRIEDEL'S_LAW=FALSE
      279 OUT OF    300965 REFLECTIONS REJECTED
    300686 REFLECTIONS ON OUTPUT FILE
...
      NOTE:      Friedel pairs are treated as different reflections.
SUBSET OF INTENSITY DATA WITH SIGNAL/NOISE >= -3.0 AS FUNCTION OF RESOLUTION
RESOLUTION    NUMBER OF REFLECTIONS    COMPLETENESS R-FACTOR  R-FACTOR COMPARED I/SIGMA  R-meas  Rmrgd-F  Anomal  SigAno  Nano
  LIMIT    OBSERVED  UNIQUE  POSSIBLE    OF DATA  observed  expected                                      Corr
    9.40        3072    832      883      94.2%      1.5%      1.8%    3050  70.26    1.7%    1.0%    90%  2.898    311
    6.64        6040    1608      1621      99.2%      1.4%      2.0%    6029  62.36    1.7%    1.1%    84%  2.530    681
    5.43        7697    2059      2086      98.7%      1.8%      2.2%    7684  54.05    2.0%    1.4%    80%  2.263    899
    4.70        9394    2483      2498      99.4%      1.7%      2.3%    9378  54.17    2.0%    1.3%    68%  1.584    1108
    4.20      10574    2793      2821      99.0%      1.8%      2.4%    10559  49.82    2.1%    1.6%    58%  1.414    1261
    3.84      11711    3090      3117      99.1%      2.2%      2.7%    11700  42.53    2.6%    2.0%    51%  1.248    1411
    3.55      12869    3344      3366      99.3%      2.8%      3.2%    12860  35.46    3.3%    2.6%    36%  1.115    1540
    3.32      14042    3626      3653      99.3%      3.4%      3.8%    14037  30.69    3.9%    3.7%    28%  1.071    1678
    3.13      15173    3839      3848      99.8%      5.0%      5.3%    15170  23.94    5.8%    5.4%    25%  0.992    1793
    2.97      16326    4109      4118      99.8%      7.6%      7.8%    16316  17.71    8.7%    8.7%    20%  0.952    1916
    2.83      17243    4308      4320      99.7%      11.0%    11.4%    17229  13.36    12.7%    12.7%    13%  0.905    2014
    2.71      17870    4467      4478      99.8%      14.7%    14.9%    17854  10.72    16.9%    15.9%    14%  0.890    2095
    2.61      18715    4696      4710      99.7%      22.3%    22.6%    18699    7.40    25.7%    26.1%    9%  0.859    2207
    2.51      19552    4884      4896      99.8%      29.6%    30.1%    19535    5.86    34.1%    32.8%    13%  0.856    2298
    2.43      20069    5018      5027      99.8%      42.9%    43.9%    20052    4.16    49.5%    49.3%    7%  0.806    2372
    2.35      20089    5176      5222      99.1%      59.8%    59.2%    20067    3.07    69.3%    69.4%    20%  0.843    2434
    2.28      21137    5378      5423      99.2%      79.1%    82.2%    21120    2.28    91.4%    86.9%    11%  0.745    2536
    2.21      21368    5513      5541      99.5%      71.0%    71.6%    21346    2.40    82.2%    78.6%    11%  0.822    2608
    2.16      20089    5681      5703      99.6%      91.4%    94.6%    20039    1.75  108.0%  117.6%    4%  0.727    2665
    2.10      17656    5567      5912      94.2%    118.8%    119.6%    17377    1.18  142.9%  169.2%    3%  0.703    2467
    total      300686  78471    79243      99.0%      4.8%      5.2%  300101  16.79    5.5%    14.9%    23%  1.000  36294
...
  STATISTICS OF SCALED OUTPUT DATA SET : hrem.ahkl                                       
  FILE TYPE:        XDS_ASCII      MERGE=FALSE          FRIEDEL'S_LAW=FALSE
      369 OUT OF    306214 REFLECTIONS REJECTED
    305845 REFLECTIONS ON OUTPUT FILE
      NOTE:      Friedel pairs are treated as different reflections.
SUBSET OF INTENSITY DATA WITH SIGNAL/NOISE >= -3.0 AS FUNCTION OF RESOLUTION
RESOLUTION    NUMBER OF REFLECTIONS    COMPLETENESS R-FACTOR  R-FACTOR COMPARED I/SIGMA  R-meas  Rmrgd-F  Anomal  SigAno  Nano
  LIMIT    OBSERVED  UNIQUE  POSSIBLE    OF DATA  observed  expected                                      Corr
    9.40        3069    837      883      94.8%      1.6%      1.9%    3050  68.80    1.8%    1.1%    82%  2.306    313
    6.64        6015    1604      1621      99.0%      1.5%      2.0%    6006  60.72    1.8%    1.2%    74%  2.109    680
    5.43        7676    2058      2086      98.7%      1.8%      2.2%    7661  52.32    2.1%    1.5%    72%  1.857    898
    4.70        9343    2477      2498      99.2%      1.7%      2.3%    9328  52.95    2.0%    1.4%    62%  1.379    1109
    4.20      10560    2794      2821      99.0%      1.8%      2.4%    10549  48.56    2.1%    1.6%    55%  1.318    1266
    3.84      11644    3086      3117      99.0%      2.3%      2.8%    11630  40.95    2.7%    2.2%    49%  1.178    1406
    3.55      12858    3335      3366      99.1%      3.0%      3.4%    12841  33.93    3.5%    2.8%    29%  1.037    1530
    3.32      14026    3632      3653      99.4%      3.8%      4.1%    14017  28.81    4.4%    4.2%    27%  1.034    1679
    3.13      15126    3841      3848      99.8%      5.6%      5.9%    15120  21.84    6.5%    6.1%    22%  0.944    1791
    2.97      16280    4107      4118      99.7%      8.8%      9.0%    16277  15.84    10.2%    10.4%    14%  0.923    1918
    2.83      17150    4315      4320      99.9%      12.8%    13.2%    17142  11.76    14.7%    15.1%    13%  0.886    2025
    2.71      17781    4468      4478      99.8%      16.9%    17.2%    17763    9.47    19.4%    19.1%    12%  0.875    2092
    2.61      18593    4701      4710      99.8%      25.7%    26.2%    18576    6.47    29.6%    30.2%    13%  0.868    2211
    2.51      19427    4887      4896      99.8%      33.6%    34.4%    19409    5.14    38.7%    37.4%    12%  0.845    2301
    2.43      19936    5008      5027      99.6%      49.0%    50.4%    19920    3.66    56.5%    57.1%    3%  0.758    2368
    2.35      19943    5165      5222      98.9%      66.9%    65.8%    19923    2.73    77.6%    78.1%    21%  0.857    2426
    2.28      21002    5385      5423      99.3%      90.3%    93.8%    20979    2.01  104.5%  102.5%    10%  0.730    2534
    2.21      21621    5522      5541      99.7%      81.5%    82.0%    21600    2.11    94.3%    89.1%    10%  0.801    2614
    2.16      22494    5684      5703      99.7%    109.4%    111.6%    22474    1.63  126.4%  125.0%    6%  0.742    2698
    2.10      21299    5607      5912      94.8%    140.8%    141.1%    21156    1.21  163.3%  164.3%    6%  0.724    2574
    total      305843  78513    79243      99.1%      5.3%      5.8%  305421  15.82    6.1%    16.3%    20%  0.950  36433
This is the output of SHELXE run from hkl2map:
<wt> = 0.300, Contrast = 0.622, Connect. = 0.775 for dens.mod. cycle 40
Estimated mean FOM and mapCC as a function of resolution
d    inf - 4.62 - 3.64 - 3.17 - 2.88 - 2.67 - 2.51 - 2.38 - 2.27 - 2.18 - 2.11
<FOM>  0.652  0.674  0.622  0.565  0.511  0.476  0.440  0.440  0.413  0.415
<mapCC> 0.822  0.875  0.853  0.821  0.785  0.755  0.764  0.766  0.698  0.696
N        4207  4230  4223  4138  4187  4208  4292  4410  4320  3702
Estimated mean FOM = 0.521  Pseudo-free CC = 56.08 %
Density (in map sigma units) at input heavy atom sites
  Site    x        y        z    occ*Z    density
    1  0.2269  0.7540  0.1175  34.0000    49.55
    2  0.3067  0.4511  0.1298  29.1550    41.44
    3  0.0275  0.8228  0.1397  26.8906    37.74
    4  0.1805  0.5336  0.2183  13.8686    23.17
    5  0.2199  0.7550  0.0807  4.1582    4.40
Site    x      y      z  h(sig) near old  near new
  1  0.2271  0.7550  0.1178  49.8  1/0.11  12/4.93 11/9.01 8/13.52 5/19.89
  2  0.3066  0.4517  0.1298  41.6  2/0.07  9/3.05 7/16.26 10/19.04 4/19.40
  3  0.0277  0.8231  0.1402  37.8  3/0.08  11/18.31 7/18.33 6/19.52 8/21.52
  4  0.1795  0.5337  0.2173  23.5  4/0.17  10/2.84 7/14.74 5/15.55 9/17.53
  5  0.1570  0.6337  0.3039  11.6  4/15.48  4/15.55 10/16.93 8/18.43 1/19.89
  6  0.0384  0.9752  0.0526  8.8  3/19.51  6/16.61 7/19.04 3/19.52 8/22.99
[[File:1y13-dad-chi2-vs-resol.png]]
[[File:1y13-dad-I-sigI-vs-resol.png]]
[[File:1y13-dad-ddp-sigI-vs-resol.png]]
[[File:1y13-dad-self-anom-cc.png]]
[[File:1y13-dad-anom-cc.png]]
[[File:1y13-dad-ccall-ccweak.png]]
[[File:1y13-dad-histogram.png]]
[[File:1y13-dad-occ.png]]
[[File:1y13-dad-contrast.png]]
<wt> = 0.300, Contrast = 0.825, Connect. = 0.821 for dens.mod. cycle 40
Estimated mean FOM and mapCC as a function of resolution
d    inf - 4.62 - 3.64 - 3.17 - 2.88 - 2.67 - 2.51 - 2.38 - 2.27 - 2.18 - 2.11
<FOM>  0.726  0.756  0.753  0.717  0.696  0.688  0.632  0.614  0.598  0.557
<mapCC> 0.846  0.898  0.932  0.930  0.921  0.929  0.931  0.925  0.889  0.873
N        4207  4230  4223  4138  4187  4208  4292  4410  4320  3702
Estimated mean FOM = 0.675  Pseudo-free CC = 71.89 %
Density (in map sigma units) at input heavy atom sites
  Site    x        y        z    occ*Z    density
    1  0.2271  0.7550  0.1178  34.0000    42.57
    2  0.3066  0.4517  0.1298  28.3968    33.06
    3  0.0277  0.8231  0.1402  25.8264    31.03
    4  0.1795  0.5337  0.2173  16.0412    24.69
    5  0.1570  0.6337  0.3039  7.9390    22.32
    6  0.0384  0.9752  0.0526  6.0078    14.61
Site    x      y      z  h(sig) near old  near new
  1  0.2276  0.7565  0.1184  42.8  1/0.18  7/2.75 8/3.22 5/19.63 3/21.97
  2  0.3065  0.4527  0.1293  33.2  2/0.12  4/19.49 6/26.72 6/28.46 8/30.50
  3  0.0278  0.8234  0.1410  31.1  3/0.10  6/19.75 8/21.21 1/21.97 7/23.88
  4  0.1774  0.5342  0.2164  25.4  4/0.25  5/15.68 2/19.49 8/24.15 1/26.84
  5  0.1573  0.6343  0.3046  22.5  5/0.11  4/15.68 7/18.33 1/19.63 8/22.10
  6  0.0382  0.9754  0.0502  15.3  6/0.31  6/16.07 3/19.75 2/26.72 2/28.46
  7  0.2484  0.7678  0.1089  -5.5  1/2.82  1/2.75 8/5.73 5/18.33 3/23.88
  8  0.2095  0.7314  0.1210  -5.3  1/3.07  1/3.22 7/5.73 3/21.21 5/22.10
Kay
Bureaucrats
2,652

edits

Retrieved from "https://wiki.uni-konstanz.de/xds/index.php/Special:MobileDiff/2517"